По расчетной ведомости кроме аванса и окончательного расчета можно отдельно создать выплату отпускных и соответствующих налогов.
Число платежных ведомостей на отпускные неограниченно (в течение месяца работники могут уходить в разное время).
При окончательном расчете за месяц будут учтены выплаченный аванс и все отпускные.